Лікарня розрахована на 505 ліжок і приймає хворих віком від 0 до 14 років.
В КМДКЛ№2 функціонують відділення:
-кардіології
- соматичне для дітей віком від 1 до 3 років
- соматичне для дітей віком від 3 до 14 років
- алергологічне
- отолярінгологічне
- хірургічне
- травматологічне
- неонатологічне другого етапу виходжування
- грудне для дітей віком від 1 місяця до 1 року
- інфекційно-діагностичне
- реанімаційне для дітей віком від 1 місяця до 14 років
- реанімаційне для новонароджених дітейпершого місяця життя
- інфекційне №1
- інфекційне №2
та параклінічні відділення:
- фізіотерапевтичне
- рентгенологічне
- клінічна лабораторія
- біохімічна лабораторія
- бактеріологічна лабораторія
На базі лікарні працюють 5 кафедр Національного медичного університету:
- педіатрична
- чірургічна
- фармакологічна та інші.